Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Bölümü’nden Yrd. Doç. Dr. Cem Albayrak’ın doktora sonrası araştırmacı olarak yaptığı çalışmalara iki internet portalında yer verildi. Kendisi tek hücre analiziyle ilgili projesini Zürih Federal Teknoloji Enstitüsü’nde (ETH Zürich) görevli Prof. Savaş Tay’ın laboratuvarında tamamlamıştı. Proje, 2016 yılının başında Molecular Cell dergisinde yayımlandı^1,2. Dr. Albayrak, daha sonra projeyi hem Boston’da Festival of Genomics konferansında hem de The Scientist adlı internet bilim portalında bir seminer kapsamında sundu³. Ayrıca çalışma ile ilgili başka bir bilim portalı olan Select Science’ta ufak bir yazı yayımlandı⁴.

Cem Albayrak ve ekibi çalışmalarında, tek hücreden elde edilen bir proteini ve bu proteini kodlayan RNA’yı hassas bir şekilde saymaya olanak sağlayan “digital proximity ligation assay (dPLA)” adlı bir yöntem geliştirdi. Digital PLA, görece değer veren diğer yöntemlerin aksine mutlak protein ve RNA rakamlarını ölçmeyi sağlıyor. Biyolojik gürültü, gen dizilimi aynı olan hücrelerin dahi RNA ve protein miktarlarında farklılık yaratıyor. Bu hassas yöntem sayesinde genetik olarak aynı olan hücrelerin RNA ve protein adetlerindeki ufak farklar bile ölçülebiliyor. Yayımlanan çalışmalar, hem tek hücre bazında CD147 adlı protein ve bunu kodlayan RNA miktarları arasında çok zayıf bir korelasyon olduğunu, hem de genetik olarak aynı olan bu hücrelerdeki CD147 protein ve RNA miktarlarında ciddi farklılıklar olduğunu ortaya koydu. Son olarak araştırmacılar tek hücre bazındaki bu ölçümleri kullanarak CD147 RNA ve protein üretiminin (transkripsiyon ve translasyon) matematiksel bir modelini oluşturdu.

Referanslar:

¹Araştırma makalesi

²Makale ile ilgili yorum

³The Scientist’teki internet semineri

(Ücretsiz kayıt işlemini tamamladıktan sonra seminere ulaşabilirsiniz.)

⁴SelectScience’taki makale

Digital PLA şeması. Kaynak: Albayrak et al., Digital quantification of proteins and mRNA in single mammalian cells. Molecular Cell, 61, 914-924 (2016). © 2016 Elsevier.